Rakszegi Marianna az Agrártudományi Kutatóközpont Mezőgazdasági Intézet Kalászos Gabona Nemesítési Osztályán 1998 szeptemberében kezdte meg munkáját. A kutatóintézetben feladata olyan hagyományos minőségkutatási és az ehhez kapcsolódó kémiai és molekuláris biológiai vizsgálatok bevezetése és alkalmazása, melyek hatékonyabbá tehetik a búza nemesítése során a technológiai minőség javítására irányuló szelekciót. Számos hazai és nemzetközi pályázat beadásában és kutatási feladatainak szervezésében, kivitelezésében játszott és jelenleg is játszik kulcsszerepet. Ezek közül kiemelkedő jelentőségű volt az EU-FP6- HEALTHGRAIN pályázat (2005-2010), melynek célja az európai gabonafélék bioaktív komponenseinek diverzitásvizsgálata volt, és munkacsoport vezetőként vett rész az EU-FP7-SOLIBAM projektben (2010-2014), melyben organikus és ‘low-input’ nemesítési és szántóföldi menedzsment stratégiák kidolgozása folyt. Rakszegi Marianna kutatási eredményeit számos hazai és nemzetközi folyóiratban publikálta. Összes tudományos közleményeinek száma 128, melyre 2455 hivatkozás történt. A 2005-2008 időszakban elnyerte az MTA Bólyai János Ösztöndíját, 2013-2014-ben pedig Magyary Zoltán Posztdoktori ösztöndíjas volt. Ezen túl kétszer nyert Magyar Állami Eötvös Ösztöndíjat, egyszer OECD Ösztöndíjat. Társnemesítőként 38 búza- és 2 tönkölyfajta előállításában vett részt az elmúlt években.